楽天市場の受注に対して、出荷後に送り状番号を変更することはできますか？

いいえ、すでにRMSへ送り状番号が連携されている場合はLOGILESSで送り状番号を変更しても反映されません。

RMSで手動の変更をお願いいたします。
既に購入者宛てに出荷情報が通知されている場合、個別に訂正の連絡をしてください。