楽天市場 : 受注伝票が「入金待ち／注文確認待ち」となって次のステータスに進まないのはなぜですか？

RMSの注文確認処理が完了していないためです。

楽天市場の店舗がAPIで自動連携されており、かつ、APIで自動取込された受注伝票の場合、自動的にステータスが連動します。
受注伝票の入金ステータスに「注文確認待ち」と表示されている場合は、注文確認処理が必要です。

注文確認処理の対応方法は利用者さまの運用に合わせて、RMSで実施するか、LOGILESSで実施するかなどの選択肢があります。
詳しくは下記ヘルプページを参照してください。