LOGILESS上のAPI設定で「タグを取り込む」を有効していないためです。
ただし、上記の機能を有効にした場合でも、まれにタグ情報が取り込まれない可能性があります。想定される原因として、Shopify上で注文が発生した直後にLOGILESSが受注情報を取得することで、タグ情報が付与される前の注文情報を取得することがあります。
この問題を解決するために、LOGILESS上のAPI設定で「受注取込の待機」において、少なくとも「1分」以上を指定する必要があります。
これにより、注文直後にShopifyの受注情報を連携されることを防ぎ、タグ情報が付与された後に注文情報をLOGILESSに取り込むことができます。