下記のような違いがあります。
「入荷」を実行すると「入庫待ち」在庫数を増加させます。「入荷」は、在庫数を増加させ、ロケーション管理も行われますが、受注に対する引当は行われません。引当待ちの出荷伝票のために「入荷」を実行したとしても、続けて「入庫」実行するまで伝票は引当待ちのままです。
「入庫」を実行すると「入庫待ち」在庫数を減少させ、同時に「保管中」在庫数を増加させます。入庫処理が行われると、受注に対する在庫の引当が開始されます。
「保管中」の在庫数を増加させ、受注に対して在庫を引き当てるには、「入荷」を実行したあと、「入庫」を実行する必要があります。「入荷」の際に「同時に入庫」を選択することで、「入荷」と「入庫」を同時に実行できます。

在庫のステータスについて、詳しくは「LOGILESSの在庫管理モデル」を参照してください。