発売日が異なる商品が同時に注文された場合に、発売日ごとに出荷を分割することはできますか？

はい、マーチャント側で設定することで発売日ごとに出荷伝票を自動分割することができます。

「発売日を設定する」のヘルプページを参照し、設定してください。