必ずしも利用する必要はありません。
Shopify側で入金ステータスを取得管理をしない支払方法、代金引換や現金書留などを、ユーザーへ提供する場合に「手動の決済方法」を利用します。
LOGILESSはshopify側の入金情報を取得し、出荷可否を判断しています。例えば支払方法「代金引換」はshopify側で入金情報が更新されることはありません。そのため、LOGILESS側でも入金ステータスは変わらず、出荷が保留されます。
「手動の決済方法」を利用することで、shopify側の入金情報ではなくLOGILESS側の入金ステータス、支払方法のルールによって、出荷可否をコントロールすることが可能です。